El Colegio San Agustín nació como resultado de una serie de circunstancias en el año 1989. Este acontecimiento, hizo que se asumiera el reto, seguros de que las oportunidades de servicio a la comunidad no son simplemente hechos circunstanciales, sino que son momentos dados por Dios mismo, para marcar una pauta de compromiso con la comunidad, la sociedad y la historia misma.
Y así fue que, bajo la inspiración del pensamiento y ministerio del gran sabio del norte de África, dominada por el Imperio Romano, baluarte inquebrantable del cristianismo de los primeros siglos, los que recibieron éste desafío, decidieron llevar adelante el proyecto denominado “Colegio San Agustín” bajo las claras directrices determinadas por una filosofía basada en el juicio, la promoción de los valores y la formación de una sólida personalidad que prepara al estudiante no sólo en el campo material e intelectual, sino también moral y espiritual preparándolo para la vida.
Gracias a la mentalidad visionaria del Ingeniero Percy Fernández Añez se materializó éste gran proyecto que dio lugar a la fundación del Colegio San Agustín.
Otras personalidades también colaboraron en éste proyecto, como los señores Herman Fernández y Ruber Carvalho, quienes sugirieron que el nombre de la Institución sea el de “San Agustín” por reconocer que entre todos los pensadores antiguos fue el que supo expresar más claramente los valores humanos.
El emblema, creación del Sr. Ruber Carvalho, compuesto por un óvalo, lleva en la mitad superior en fondo azul la Cruz, símbolo de la fundación, en la parte inferior los colores de la Bandera Cruceña y la Bandera de la Santa Sede; y alrededor del óvalo, por inspiración del Dr. Herman Fernández; el nombre del Colegio en latín COLLEGIVM SANCTI AVGVSTINI y la famosa frase de San Agustín, que encierra toda la esencia del quehacer pedagógico “SCIENTIAE ET VERBVM” “Ciencia y Verbo”, “Ciencia y Verdad”.
Mención especial para las profesoras Carmela Quiroz; Rosario Talamás, Delicia de Fernández y al profesor Héctor Molina, quienes, cada uno desde su función supieron estructurar el fundamento sólido del Colegio.
La Resolución Ministerial Nº 60 de autorización fue aprobada el 12 de enero de 1989.